中古マンションを購入しようとして、売買契約を締結しました。
その前に重要事項説明書の内容を仲介業者に説明してもらっています。
買主として管理費・修繕積立金に滞納があることは知っていました。

契約書上では、売主が清算して滞納が無い状態で決済に臨むはずが・・・売主が事前にお金の用意が出来なかったのかどうかは定かではありませんが、その滞納金を決済金から差し引いて取引を完結させて欲しいと言ってきました。

あなただったらどうしますか？

売買契約の決済時点で、滞納金額が幾らあるのか管理組合に確認する必要があります。
もし決裁の当日に仲介業者や売主が滞納額は●●●万円ですと言っても、迂闊に信用してはいけません。やっぱり、管理組合や管理会社に正確な金額を確認しないとダメです。

また契約書では次のような条項がある場合があります。

（公租公課の分担）

本物件から生ずる収益または本物件に対して賦課される固定資産税、都市計画税等の公租公課ならびに管理費および修繕積立金等、ガス、水道、電気料金および各種負担金等の諸負担は、引渡完了日の前日までの分を売主の収益または負担とし、引渡完了日以降の分を買主の収益または負担として、引渡完了日において清算します。

……売主に管理費および修繕積立金等の滞納があった場合にはその額を売買金額から控除の上、買主においてこれを支払うこととします。

この条文があったとしても、契約時に滞納金がある場合は事前に買主が支払う決済金から差し引いて取引を終わらせる契約時点での合意が必要です。

決済時にいきなりから売主がそうして欲しいと言うのは無茶な話です。
また、口約束やメモ書きで「後日、支払いますから」なんていうのも、危ないケースです。
買主は購入後、管理組合や管理会社から滞納額の支払いを求められることがありますので、売主が支払うか、後日であっても決済金から差し引きいて取引を完了させるべきです。